Πρόγραμμα Μαθημάτων
Στο πλαίσιο του Διιδρυματικού Μεταπτυχιακού Προγράμματος στον τομέα της Συνθετικής Βιολογίας , οι επιλέξιμοι φοιτητές θα παρακολουθούν ένα ολοκληρωμένο πρόγραμμα σπουδών που έχει αναπτυχθεί από κοινού από το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας και το McGill University. Με την επιτυχή ολοκλήρωση των απαιτήσεων αποφοίτησης κάθε ιδρύματος, θα απονέμονται δύο ξεχωριστοί τίτλοι σπουδών:
- Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Master of Science) στη Συνθετική Βιολογία, που απονέμεται από το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας (120 ECTS), σύμφωνα με την εθνική νομοθεσία και τους ακαδημαϊκούς κανονισμούς του ιδρύματος, και
- Master of Science in Biological and Biomedical Engineering: Synthetic Biology (Thesis) (45 McGill credits), που απονέμεται από το McGill University, σύμφωνα με τους θεσμικούς κανονισμούς του.
Εξάμηνο 1: Βασικές Δεξιότητες
Θεμέλια Συνθετικής Βιολογίας
ECTS: 7
Αρχές μηχανικής στη βιολογία, BioBricks και τυποποίηση βιολογικών συστατικών, ορθογωνιότητα και αρθρωτότητα, γενετικά κυκλώματα και λογική, βιολογικοί «ξενιστές» (chassis) και πρότυποι οργανισμοί, ελάχιστα και συνθετικά κύτταρα.
Μηχανική Γονιδιώματος και DNA
ECTS: 8
Τεχνολογίες σύνθεσης και συναρμολόγησης DNA, γονιδιακή επεξεργασία CRISPR, μηχανική γονιδιώματος, μέθοδοι κλωνοποίησης (Gibson, Golden Gate, MoClo), σχεδιασμός ρεπλικονίων και φορέων (vectors), τεχνολογίες αλληλούχισης.
Εργαστήριο Πειραματικού Σχεδιασμού στη Συνθετική Βιολογία
ECTS: 4
Πρακτικές εργαστηριακές δεξιότητες, συμπεριλαμβανομένων μοριακής κλωνοποίησης, αλληλούχισης, κυτταροκαλλιεργειών, κυτταρομετρίας ροής, απεικόνισης και συστημάτων χωρίς κύτταρα (cell-free systems).
Υπεύθυνη Καινοτομία & Βιοασφάλεια
ECTS: 4
Βιοηθική, βιοασφάλεια, κοινωνικές διαστάσεις και επιστημονική επικοινωνία στη συνθετική βιολογία.
Εισαγωγή στην Υπολογιστική Συνθετική Βιολογία
ECTS: 7
Βιοστατιστική για τη συνθετική βιολογία, εισαγωγή στη R και στη βιοπληροφορική, βάσεις δεδομένων αλληλουχιών και ανάλυση, εισαγωγική μοντελοποίηση βιολογικών συστημάτων, Python για βιολογική μηχανική.
Σύνολο 1ου Εξαμήνου
ECTS
Εξάμηνο 2: Μηχανική, Μοντελοποίηση & Εφαρμογές
Μηχανική Πρωτεϊνών & RNA
ECTS: 6
Μηχανική πρωτεϊνών, κατευθυνόμενη εξέλιξη (directed evolution), σχεδιασμός πρωτεϊνών de novo, μηχανική RNA, riboswitches και aptamers, λογική RNA και βιοαισθητήρες.
Μεταβολική & Μικροβιακή Μηχανική
ECTS: 6
Μεταβολική μηχανική, συνθετικές μικροβιακές κοινότητες (SynComs), μεταγονιδιωματική, βιομηχανική παραγωγή (biomanufacturing), βιοκαύσιμα και βιωσιμότητα.
Μοντελοποίηση & Μηχανική Μάθηση για Σχεδιασμό στη Συνθετική Βιολογία
ECTS: 6
Εισαγωγή σε ντετερμινιστικά και στοχαστικά συστήματα, βιολογία δικτύων, εφαρμογές μηχανικής μάθησης στον σχεδιασμό συνθετικής βιολογίας.
Μαθήματα Επιλογής / Εξειδίκευση
ECTS: 12 | (3 modules X 4 ECTS/module)
Green Biotechnology – Blue Biotechnology – White Biotechnology – Yellow Biotechnology – Plant Metabolic Engineering – Computational Protein Design – Metagenomics – Synthetic RNA Therapeutics and Ribodiagnostics – Synthetic Microbial Ecology – Cell-free SynBio Systems – From Lab to Industry: Scale-Up Considerations – Synthetic Biology in Gene Therapy and Vaccines